System BRESOK gwarantuje najwyższy poziom bezpieczeństwa. Dane w systemie BRESOK zabezpieczone są modułem szyfrowym 3DES, zaś połączenie internetowe zabezpieczone jest protokołem SSL. Zlecenia autoryzowane są przy użyciu podpisu elektronicznego.

BRESOK został wyposażony w elastyczny mechanizm administrowania uprawnieniami użytkowników. Użytkownik systemu ma dostęp tylko do tych funkcji i danych, do których posiada uprawnienia. Możliwość elastycznego zdefiniowania uprawnień dla poszczególnych użytkowników pozwala na uszczegółowienie roli każdego z nich w systemie, co dodatkowo zwiększa bezpieczeństwo najbardziej wrażliwych danych.

Dodatkowo system oferuje możliwość określenia minimalnej długości hasła, okresu ważności hasła, liczby zapamiętywanych historycznie haseł oraz ustawienia opcji informującej o zbliżającym się wygaśnięciu hasła.